ประโยชน์ของโครงการแก้มลิง “แก้มลิง” เป็นโครงการอเนกประสงค์สำคัญยิ่ง เพราะไม่เพียงแต่ช่วยบรรเทาอุทกภัยให้กับพื้นที่กรุงเทพมหานครและปริมณฑลเท่านั้น แต่ยังช่วยระบายน้ำจากภาคเหนือลงสู่อ่าวไทยตามจังหวะการขึ้นลงของระดับน้ำทะเล โดยอาศัยแรงโน้มถ่วงของโลกและการสูบน้ำที่เหมาะสม ทั้งยังเพิ่มประสิทธิภาพการระบายน้ำตามคูคลองธรรมชาติในช่วงฤดูฝนอีกด้วย
นอกจากนี้โครงการแก้มลิงยังช่วยป้องกันการรุกล้ำของน้ำเค็มในช่วงฤดูแล้ง ไม่ให้น้ำเค็มจากทะเลไหลเข้าสู่แม่น้ำลำคลองและพื้นที่การเกษตร รวมทั้งแก้มลิงยังสามารถเก็บกักน้ำจืดไว้ด้านเหนือประตูระบายน้ำ ประชาชนจึงสามารถนำน้ำไปใช้ประโยชน์ในด้านการเกษตรกรรมอุตสาหกรรม และการอุปโภคบริโภคอีกด้วย
ที่สำคัญโครงการแก้มลิงยังมีส่วนสำคัญในการช่วยอนุรักษ์น้ำและสิ่งแวดล้อม เนื่องจากน้ำที่ถูกกักเก็บไว้ในแก้มลิงต่างๆ เมื่อถูกระบายสู่คู คลอง จะไปช่วยบำบัดน้ำเน่าเสียให้เจือจางลง กระทั่งผลักดันให้น้ำเน่าเสียเดิมที่มีอยู่ ถูกระบายออกไปได้ในที่สุด